Микробиота мочи пациентов урологического отделения (пилотное исследование)

Введение. Урологические стационары представляют особую клинико-эпидемиологическую среду с высоким риском формирования полирезистентных штаммов уропатогенов. Исследования в области изучения особенностей урологической микробиоты имеют первостепенное значение для разработки протоколов эмпирической терапии и улучшения клинических исходов.

Цель исследования. Изучить микробиологический спектр и антибиотикорезистентность микроорганизмов, выделенных из мочи пациентов урологического отделения.

Материалы и методы. Пилотное исследование проведено на базе ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора с апреля по сентябрь 2025 года. Изучено 130 образцов средней порции мочи от пациентов урологического отделения РНЦХ им. акад. Б. В. Петровского (79 мужчин, 51 женщина, медиана возраста – 57 лет). Использованы стандартные бактериологические методы с идентификацией микроорганизмов методом MALDI-TOF MS и определением антибиотикочувствительности методом оценки минимальной ингибирующей концентрации (МИК) согласно стандартам EUCAST.

Результаты. Рост микроорганизмов выявлен в 28,5 % образцов. Доминирующими возбудителями были: Escherichia coli (42,5 %), Enterococcus faecalis (17,5 %), Klebsiella pneumoniae (12,5 %), Staphylococcus aureus, Proteus mirabilis и Streptococcus agalactiae (по 5 % каждый). Escherichia coli демонстрировала высокую резистентность к ципрофлоксацину (47,1 %) и ампициллину (52,9 %) при сохранении 100 % чувствительности к амикацину и фосфомицину. Klebsiella pneumoniae характеризовалась выраженной полирезистентностью к большинству β-лактамных антибиотиков, сульфаниламидам и фторхинолонам с сохранением чувствительности к колистину (100 %). Enterococcus faecalis сохранял чувствительность к традиционным препаратам (ампициллин, ванкомицин).

Заключение. Выявлены высокие уровни антибиотикорезистентности основных уропатогенов, особенно к фторхинолонам и β-лактамным антибиотикам. Сохранение активности амикацина, фосфомицина и колистина делает эти препараты приоритетными для лечения резистентных инфекций в данной популяции пациентов.

1. Aragon I. M., Herrera-Imbroda B., Queipo-Ortuno M. I. et al. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. European urology focus. 2018 Jan;4 (1): 128–138. DOI: 10.1016/j.euf.2016.11.001

2. Nelson D. E., Van Der Pol B., Dong Q., et al. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection // PLoS One 2010 Nov 24; 5 (11): e14116. DOI: 10.1371/journal.pone.0014116

3. Siddiqui H., Nederbragt A. J., Lagesen K., et al. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons // BMC Microbiol 2011; Nov 2: 11: 244. DOI: 10.1186/1471-2180-11-244

4. Flores-Mireles A.L., Walker J. N., Caparon M., Hultgren S. J. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options // Nat Rev Microbiol 2015 May; 13 (5): 269–84. DOI: 10.1038/nrmicro3432. Epub 2015 Apr 8

5. World Health Organization. Global antimicrobial resistance and use surveillance system (GLASS) report: 2021. Geneva: WHO; 2021.

6. Рафальский В. В., Довгань Е. В. Фторхинолоны в лечении инфекций мочевыводящих путей: роль антибиотикорезистентности // РМЖ. 2011; 16: 1006.

7. El bouamri M.C., Arsalane L., Kamouni Y., Yahyaoui H., Bennouar N., Berraha M., Zouhair S. // Profil actuel de résistance aux antibiotiques des souches d’Escherichia coli uropathogènes et conséquences thérapeutiques // Progrès en Urologie Volume 24, Issue 16, December 2014, Pages 1058–1062

8. Nordmann P., Naas T., Poirel L. Global spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. // Emerg Infect Dis. 2011; 17 (10): 1791–1798

9. European Association of Urology. Guidelines on urological infections. Arnhem, The Netherlands: EAU Guidelines Office; 2023.

10. Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. // Lancet. 2022; 399 (10325): 629–655.

11. Филиппова Е. С., Баженов И. В., Зырянов А. В., Аминьева П. Г. Видовое разнообразие микробиома мочи больных нейрогенным мочевым пузырем ассоциировано с меньшим риском рецидивирования инфекции мочевыводящих путей // Экспериментальная и клиническая урология 2024; 17 (3): 140–147. https://doi.org/10.29188/2222-8543-2024-17-3-140-147

12. Набока Ю. Л., Рымашевский А. Н., Коган М. И., Гудима И. А., Боровлева О. А., Джалагония К. Т., Заруцкий С. А. Микробиота мочи и влагалища здоровых женщин постменопаузального возраста (пилотное исследование) // Урология 2016; 1: 18–24.

13. Кадыров З. А., Степанов В. Н., Фаниев М. В., Рамишвили Ш. В. Микробиота органов урогенитальной системы // Урология 2020; 1. https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.1.116–120

14. Рафальский В. В., Крюкова Н. О., Коренев Д. С. Резистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей: уроки российских многоцентровых микробиологических исследований // Урология 2020; 4. https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.4.124–130

15. Набока Ю. Л., Гудима И. А., Митусова Е. В., Беджанян С. К., Моргун П. П., Коган М. И., Джалагония К. Т., Акименко М. А. Резистентность уропатогенов к антибактериальным препаратам у пациентов с острым обструктивным пиелонефритом // Урология 2017; 4. https://dx.doi.org/10.18565/urol.2017.4.27–31

16. Kranz J., Bartoletti R., Bruyère F., et al. European Association of Urology Guidelines on Urological Infections: Summary of the 2024 Guidelines // Eur Urol. 2024 Jul; 86 (1): 27–41. DOI: 10.1016/j.eururo.2024.03.035.

17. Набока Ю. Л., Хасигов А. В., Хажоков М. А., Белоусов И. И., Гудима И. А., Ильяш А. В., Коган М. И. Микробиота мочи до и после литотрипсии при камнях почек // Вестник урологии № 3/2013 с. 20–24.

18. Зайцева Е. А., Лучанинова В. Н., Мельникова Е. А., Коменкова Т. С., Крукович Е. В. Клиникомикробиологические аспекты инфекции мочевыводящих путей, ассоциированной с Enterococcus faecalis // Инфекция и иммунитет 2021; 1: 184–190.