medalphabetМедицинский алфавитMedical alphabet2078-56312949-2807ООО «Альфмед»10.33667/2078-5631-2025-29-30-34medalphabet-4821Research ArticleСтатьиМикробиота мочи пациентов урологического отделения (пилотное исследование)Urine microbiota of urology department patients (pilot study)https://orcid.org/0009-0008-5470-2151КуликовВ. М.KulikovV. M.

Куликов Владимир Михайлович, аспирант

Москва

Kulikov Vladimir M., graduate student

Moscow

v.kulikov1991@gmail.comТронзаТ. В.TronzaT. V.

Тронза Татьяна Васильевна, руководитель направления лабораторных исследований лаборатории клинической микробиологии и микробной экологии человека

Москва

Tronza Tatyana V., head of Laboratory Research at Laboratory of Clinical Microbiology and Human Microbial Ecology

Moscow

tronza@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0008-4482-6230КовальГ. А.KovalG. A.

Коваль Галина Анатольевна, врач-бактериолог лаборатории клинической микробиологии и микробной экологии человека

Москва

Koval Galina A., bacteriologist at Laboratory of Clinical Microbiology and Human Microbial Ecology

Moscow

machneva@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0003-3970-6003ГоголевН. М.GogolevN. M.

Гоголев Николай Максимович, врач-уролог, урологического отделения НКЦ № 2

Москва

Gogolev Nikolai M., urologist at Urology Dept, Scientific and Clinical Center No. 2

Moscow

dr.gogolev@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-2400-7971КоролевС. В.KorolevS. V.

Королёв Сергей Вячеславович, к. м. н., старший научный сотрудник, заведующий отделением урологии НКЦ № 2

Москва

Korolev Sergey V., PhD Med, senior researcher, head of Urology Dept of Scientific and Clinical Center No. 2

Moscow

7992624@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-4336-8986ЕрёминИ. И.EreminI. I.

Ерёмин Илья Игоревич, заместитель директора по научной работе

Москва

Eremin Ilya I., deputy director for Research

Moscow

eremin.ii@med.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1924-6521СкачковаТ. С.SkachkovaT. S.

Скачкова Татьяна Сергеевна, к. м. н., ВРИО заведующего лабораторией молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции

Москва

Skachkova Tatyana S., PhD Med, acting head of Laboratory of Molecular Diagnostics and Epidemiology of Reproductive Organ Infections

Moscow

skachkova@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0000-6436-010XКуликоваЕ. М.KulikovaE. M.

Куликова Елена Михайловна, ординатор

Москва

Kulikova Elena M., resident

Moscow

kulikovahelena.98@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-6147-5574КотенкоК. В.KotenkoK. V.

Котенко Константин Валентинович, д. м. н., профессор, академик РАН, заслуженный врач РФ, директор Государственного научного центра РФ

Москва

Kotenko Konstantin V., Dr Med Sci (habil.), professor, RAS academicia, Honored Doctor of the Russian Federation, director of the State Scientific Center of the Russian Federation

Moscow

https://orcid.org/0000-0003-4228-9044АкимкинВ. Г.AkimkinV. G.

Акимкин Василий Геннадьевич, д. м. н., профессор, академик РАН, директор

Москва

Akimkin Vasily G., Dr Med Sci (habil.), professor, RAS academician, director

Moscow

vgakimkin@yandex.ruФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» РоспотребнадзораRussian FederationФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» РоспотребнадзораРоссияCentral Research Institute of Epidemiology of RospotrebnadzorRussian FederationФГБНУ «Российский научный центр хирургии имени академика Б. В. Петровского» Минобрнауки РоссииРоссияB. V. Petrovsky Russian Scientific Center of SurgeryRussian Federation202510012026029Эпидемиология, гигиена, инфекционные болезни3034Copyright © Куликов В.М., Тронза Т.В., Коваль Г.А., Гоголев Н.М., Королев С.В., Ерёмин И.И., Скачкова Т.С., Куликова Е.М., Котенко К.В., Акимкин В.Г., 20262026Куликов В.М., Тронза Т.В., Коваль Г.А., Гоголев Н.М., Королев С.В., Ерёмин И.И., Скачкова Т.С., Куликова Е.М., Котенко К.В., Акимкин В.Г.Kulikov V.M., Tronza T.V., Koval G.A., Gogolev N.M., Korolev S.V., Eremin I.I., Skachkova T.S., Kulikova E.M., Kotenko K.V., Akimkin V.G.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.med-alphabet.com/jour/article/view/4821Введение

Введение. Урологические стационары представляют особую клинико-эпидемиологическую среду с высоким риском формирования полирезистентных штаммов уропатогенов. Исследования в области изучения особенностей урологической микробиоты имеют первостепенное значение для разработки протоколов эмпирической терапии и улучшения клинических исходов.

Цель исследования

Цель исследования. Изучить микробиологический спектр и антибиотикорезистентность микроорганизмов, выделенных из мочи пациентов урологического отделения.

Материалы и методы

Материалы и методы. Пилотное исследование проведено на базе ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора с апреля по сентябрь 2025 года. Изучено 130 образцов средней порции мочи от пациентов урологического отделения РНЦХ им. акад. Б. В. Петровского (79 мужчин, 51 женщина, медиана возраста – 57 лет). Использованы стандартные бактериологические методы с идентификацией микроорганизмов методом MALDI-TOF MS и определением антибиотикочувствительности методом оценки минимальной ингибирующей концентрации (МИК) согласно стандартам EUCAST.

Результаты

Результаты. Рост микроорганизмов выявлен в 28,5 % образцов. Доминирующими возбудителями были: Escherichia coli (42,5 %), Enterococcus faecalis (17,5 %), Klebsiella pneumoniae (12,5 %), Staphylococcus aureus, Proteus mirabilis и Streptococcus agalactiae (по 5 % каждый). Escherichia coli демонстрировала высокую резистентность к ципрофлоксацину (47,1 %) и ампициллину (52,9 %) при сохранении 100 % чувствительности к амикацину и фосфомицину. Klebsiella pneumoniae характеризовалась выраженной полирезистентностью к большинству β-лактамных антибиотиков, сульфаниламидам и фторхинолонам с сохранением чувствительности к колистину (100 %). Enterococcus faecalis сохранял чувствительность к традиционным препаратам (ампициллин, ванкомицин).

Заключение

Заключение. Выявлены высокие уровни антибиотикорезистентности основных уропатогенов, особенно к фторхинолонам и β-лактамным антибиотикам. Сохранение активности амикацина, фосфомицина и колистина делает эти препараты приоритетными для лечения резистентных инфекций в данной популяции пациентов.

Introduction

Introduction. Urological hospitals represent a special clinical and epidemiological environment with a high risk of the formation of multidrugresistant strains of uropathogens. Research in the field of investigating the characteristics of urological microbiota is of primary importance for

the development of empirical therapy protocols and the improvement of clinical outcomes.

Objective

Objective. To investigate the microbiological spectrum and antibiotic resistance of microorganisms isolated from the urine of patients in the urology department.

Materials and Methods

Materials and Methods. A pilot study was conducted at the FSBI Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor from April to September 2025.

A total of 130 midstream urine samples were studied from patients of the urology department of the Research Center of Surgery named after Academician B. V. Petrovsky (79 men, 51 women, median age – 57 years). Standard bacteriological methods were used with microorganism identification by MALDI-TOF MS and antibiotic susceptibility testing by the minimum inhibitory concentration (MIC) assessment method according to EUCAST standards.

Results

Results. Microorganism growth was detected in 28.5 % of samples. The dominant pathogens were: Escherichia coli (42.5 %), Enterococcus faecalis (17.5 %), Klebsiella pneumoniae (12.5 %), Staphylococcus aureus, Proteus mirabilis, and Streptococcus agalactiae (5 % each). Escherichia coli showed high resistance to ciprofloxacin (47.1 %) and ampicillin (52.9 %) with preserved 100 % sensitivity to amikacin and fosfomycin. Klebsiella pneumoniae was characterized by pronounced multidrug resistance to most β-lactam antibiotics, sulfonamides, and fluoroquinolones with preserved sensitivity to colistin (100 %). Enterococcus faecalis maintained sensitivity to traditional drugs (ampicillin, vancomycin).

Conclusion

Conclusion. High levels of antibiotic resistance were identified among major uropathogens, especially to fluoroquinolones and β-lactam antibiotics. The preserved activity of amikacin, fosfomycin, and colistin makes these drugs priorities for treating resistant infections in this patient population.

микробиотаантибиотикорезистентностьEscherichia coliKlebsiella pneumoniaeEnterococcus faecalismicrobiotaantibiotic resistanceEscherichia coliKlebsiella pneumoniaeEnterococcus faecalisReferencesAragon I. M., Herrera-Imbroda B., Queipo-Ortuno M. I. et al. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. European urology focus. 2018 Jan;4 (1): 128–138. DOI: 10.1016/j.euf.2016.11.001Aragon I. M., Herrera-Imbroda B., Queipo-Ortuno M. I. et al. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. European urology focus. 2018 Jan;4 (1): 128–138. DOI: 10.1016/j.euf.2016.11.001Nelson D. E., Van Der Pol B., Dong Q., et al. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection // PLoS One 2010 Nov 24; 5 (11): e14116. DOI: 10.1371/journal.pone.0014116Nelson D. E., Van Der Pol B., Dong Q., et al. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection // PLoS One 2010 Nov 24; 5 (11): e14116. DOI: 10.1371/journal.pone.0014116Siddiqui H., Nederbragt A. J., Lagesen K., et al. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons // BMC Microbiol 2011; Nov 2: 11: 244. DOI: 10.1186/1471-2180-11-244Siddiqui H., Nederbragt A. J., Lagesen K., et al. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons // BMC Microbiol 2011; Nov 2: 11: 244. DOI: 10.1186/1471-2180-11-244Flores-Mireles A.L., Walker J. N., Caparon M., Hultgren S. J. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options // Nat Rev Microbiol 2015 May; 13 (5): 269–84. DOI: 10.1038/nrmicro3432. Epub 2015 Apr 8Flores-Mireles A.L., Walker J. N., Caparon M., Hultgren S. J. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options // Nat Rev Microbiol 2015 May; 13 (5): 269–84. DOI: 10.1038/nrmicro3432. Epub 2015 Apr 8World Health Organization. Global antimicrobial resistance and use surveillance system (GLASS) report: 2021. Geneva: WHO; 2021.World Health Organization. Global antimicrobial resistance and use surveillance system (GLASS) report: 2021. Geneva: WHO; 2021.Рафальский В. В., Довгань Е. В. Фторхинолоны в лечении инфекций мочевыводящих путей: роль антибиотикорезистентности // РМЖ. 2011; 16: 1006.Rafal'skiy V.V., Dovgan E. V. Fluoroquinolones in the treatment of urinary tract infections: the role of antibiotic resistance // RMZh. 2011; 16: 1006. (In Russ.).El bouamri M.C., Arsalane L., Kamouni Y., Yahyaoui H., Bennouar N., Berraha M., Zouhair S. // Profil actuel de résistance aux antibiotiques des souches d’Escherichia coli uropathogènes et conséquences thérapeutiques // Progrès en Urologie Volume 24, Issue 16, December 2014, Pages 1058–1062El bouamri M.C., Arsalane L., Kamouni Y., Yahyaoui H., Bennouar N., Berraha M., Zouhair S. // Profil actuel de résistance aux antibiotiques des souches d’Escherichia coli uropathogènes et conséquences thérapeutiques // Progrès en Urologie Volume 24, Issue 16, December 2014, Pages 1058–1062Nordmann P., Naas T., Poirel L. Global spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. // Emerg Infect Dis. 2011; 17 (10): 1791–1798Nordmann P., Naas T., Poirel L. Global spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. // Emerg Infect Dis. 2011; 17 (10): 1791–1798European Association of Urology. Guidelines on urological infections. Arnhem, The Netherlands: EAU Guidelines Office; 2023.European Association of Urology. Guidelines on urological infections. Arnhem, The Netherlands: EAU Guidelines Office; 2023.Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. // Lancet. 2022; 399 (10325): 629–655.Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. // Lancet. 2022; 399 (10325): 629–655.Филиппова Е. С., Баженов И. В., Зырянов А. В., Аминьева П. Г. Видовое разнообразие микробиома мочи больных нейрогенным мочевым пузырем ассоциировано с меньшим риском рецидивирования инфекции мочевыводящих путей // Экспериментальная и клиническая урология 2024; 17 (3): 140–147. https://doi.org/10.29188/2222-8543-2024-17-3-140-147Filippova E. S., Bazhenov I. V., Zyryanov A. V., Amineva P. G. Species diversity of the urine microbiome in patients with neurogenic bladder is associated with a lower risk of recurrence of urinary tract infection // Experimental and Clinical Urology 2024; 17 (3): 140–147. (In Russ.). https://doi.org/10.29188/2222-8543-2024-17-3-140-147Набока Ю. Л., Рымашевский А. Н., Коган М. И., Гудима И. А., Боровлева О. А., Джалагония К. Т., Заруцкий С. А. Микробиота мочи и влагалища здоровых женщин постменопаузального возраста (пилотное исследование) // Урология 2016; 1: 18–24.Naboka Yu.L., Rymashevsky A. N., Kogan M. I., Gudima I. A., Borovleva O. A., Dzhalagoniya K. T., Zarutsky S. A. Microbiota of urine and vagina of healthy postmenopausal women (pilot study) // Urology 2016; 1: 18–24. (In Russ.).Кадыров З. А., Степанов В. Н., Фаниев М. В., Рамишвили Ш. В. Микробиота органов урогенитальной системы // Урология 2020; 1. https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.1.116–120Kadyrov Z. A., Stepanov V. N., Faniev M. V., Ramishvili Sh. V. Microbiota of urogenital organs // Urology 2020; 1. (In Russ.). https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.1.116–120Рафальский В. В., Крюкова Н. О., Коренев Д. С. Резистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей: уроки российских многоцентровых микробиологических исследований // Урология 2020; 4. https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.4.124–130Rafal'sky V.V., Kryukova N. O., Korenev D. S. Resistance of pathogens causing community-acquired urinary tract infections: lessons from Russian multicenter microbiological studies // Urology 2020; 4. (In Russ.). https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.4.124–130Набока Ю. Л., Гудима И. А., Митусова Е. В., Беджанян С. К., Моргун П. П., Коган М. И., Джалагония К. Т., Акименко М. А. Резистентность уропатогенов к антибактериальным препаратам у пациентов с острым обструктивным пиелонефритом // Урология 2017; 4. https://dx.doi.org/10.18565/urol.2017.4.27–31Naboka Yu.L., Gudima I. A., Mitusova E. V., Bejanyan S. K., Morgun P. P., Kogan M. I., Dzhalagoniya K. T., Akimenko M. A. Resistance of uropathogens to antibacterial drugs in patients with acute obstructive pyelonephritis // Urology 2017; 4. (In Russ.). https://dx.doi.org/10.18565/urol.2017.4.27–31Kranz J., Bartoletti R., Bruyère F., et al. European Association of Urology Guidelines on Urological Infections: Summary of the 2024 Guidelines // Eur Urol. 2024 Jul; 86 (1): 27–41. DOI: 10.1016/j.eururo.2024.03.035.Kranz J., Bartoletti R., Bruyère F., et al. European Association of Urology Guidelines on Urological Infections: Summary of the 2024 Guidelines // Eur Urol. 2024 Jul; 86 (1): 27–41. DOI: 10.1016/j.eururo.2024.03.035.Набока Ю. Л., Хасигов А. В., Хажоков М. А., Белоусов И. И., Гудима И. А., Ильяш А. В., Коган М. И. Микробиота мочи до и после литотрипсии при камнях почек // Вестник урологии № 3/2013 с. 20–24.Naboka Yu.L., Khasigov A. V., Khazhokov M. A., Belousov I. I., Gudima I. A., Ilyash A. V., Kogan M. I. Urine microbiota before and after lithotripsy for kidney stones // Bulletin of Urology No. 3/2013 pp. 20–24. (In Russ.).Зайцева Е. А., Лучанинова В. Н., Мельникова Е. А., Коменкова Т. С., Крукович Е. В. Клиникомикробиологические аспекты инфекции мочевыводящих путей, ассоциированной с Enterococcus faecalis // Инфекция и иммунитет 2021; 1: 184–190.Zaitseva E. A., Luchaninova V. N., Melnikova E. A., Komenkova T. S., Krukovich E. V. Clinical and microbiological aspects of urinary tract infection associated with Enterococcus faecalis // Infection and Immunity 2021; 1: 184–190. (In Russ.).

The authors declare that there are no conflicts of interest present.