Определение генов карбапенемаз в клинических изолятах с помощью анализатора Cepheid Xpert Carba-R

Обнаружение устойчивости к карбапенемам является критически важным вопросом для больничных стационаров ввиду возможных рекомендации по контролю за инфекциями и целевой терапии. С сентября 2020 по февраль 2021 года был апробирован прибор Cepheid Xpert, тест Carba-R для обнаружения и дифференциации пяти общих генов карбапенемаз. В рамках апробации было предоставлено 20 тестов. В настоящем обзоре представлены результаты апробации относительно регулярного исследования чувствительности на Siemens WalkAway-96 plus. Показано, что анализ Cepheid Xpert Carba-R – это точный и быстрый инструмент для выявления колонизации карбапенем-устойчивыми грамотрицательными бактериями, который может помочь ограничить распространение этих организмов в медицинских учреждениях.

1. who.int [Internet]. World Health Organization (WHO). Global priority list of antibiotic-resistant bacteria to guide research, discovery, and development of new antibiotics [cited 2020 Aug 12]. Available from: http://www.who.int/medicines/publications/global-priority-list-antibiotic-resistant-bacteria/en/.

2. Nordmann P. Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: overview of a major public health challenge. Med Mal Infect. 2014. Vol. 44. N 2. P. 51–56. DOI: 10.1016/j.medmal.2013.11.007.

3. Чеботарь И. В., Бочарова Ю. А., Подопригора И. В., Шагин Д. А. Почему Klebsiella pneumoniae становится лидирующим оппортунистическим патогеном. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. № 1. С. 4–19. DOI: 10.36488/cmac.

4. Сухорукова М. В., Эйдельштейн М. В., Иванчик Н. В., Склеенова Е. Ю., Шайдуллина Э. Р., Азизов И. С. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования марафон 2015–201. КМАХ. 2019. № 2. С. 147–159. DOI: 10.36488/сmac.2019.2.147–159.

5. Queenan A. M., Bush K. Carbapenemases: the versatile beta-lactamases. Clin Microbiol Rev. 2007. Vol. 20. N 3. P. 440–458. DOI: 10.1128/CMR.00001–07.

6. Oueslati S., Nordmann P., Poirel L. Heterogeneous hydrolytic features for OXA‑48-like β-lactamases. J Antimicrob Chemother. 2015. Vol. 70. N 4. P. 1059–1063. DOI: 10.1093/jac/dku524.

7. Dortet L., Fusaro M., Naas T. Improvement of the Xpert Carba-R Kit for the Detection of Carbapenemase- Producing Enterobacteriaceae. Antimicrob Agents Chemother. 2016. Vol. 60. N 6. P. 3832–3837. DOI: 10.1128/AAC.00517–16.

8. T r a c z e w s k i M . M . , C a r r e t t o E . , C a n t o n R . , Moore N. M. Multicenter evaluation of the Xpert Carba- R assay for detection of carbapenemase genes in Gram-negative isolates. J Clin Microbiol. 2018. Vol. 56. P. e00272–18. DOI: 10.1128/JCM.00272–18.

9. Lledo W., Hernandez M., Lopez E., Molinari O. L., Soto R. Q., Hernandez E. et al. Guidance for control of infections with carbapenem-resistant or carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in acute care facilities. Morbidity and Mortality Weekly Report. 2009. Vol. 58. N. 10. Р. 256–258.

10. Coope C. M., Verlander N. Q., Schneider A., Hopkins S., Welfare W., Johnson A. P., et al. An evaluation of a toolkit for the early detection, management, and control of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: a survey of acute hospital trusts in England. J Hosp Infect. 2018. Vol. 99. N 4. P. 381–389. DOI: 10.1016/j.jhin.2018.03.007.

11. Попов Д. А. Сравнительная характеристика современных методов определения продукции карбапенемаз. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. № 2. С. 125–133. DOI: 10.36488/сmac.

12. Янович Ю. А., Рачина С. А., Сухорукова М. В., Савочкина Ю. А., Вацик М. В., Петров А. А. Нозокомиальная пневмония у взрослых: структура возбудителей и новые возможности этиологической диагностики. Фарматека. 2019. Т. 26. № 5. С. 39–46. DOI: 10.18565/pharmateca.2019.5.39–46.

13. Kost K., Yi J., Rogers B., Jerris R. Comparison of clinical methods for detecting carbapenem- resistant Enterobacteriaceae. Pract Lab Med. 2017. Vol. 18. No. 8. P. 18–25. DOI: 10.1016/j.plabm.2017.03.002.

14. Тato M., Ruiz-Garbajosa P., Traczewski M., Dodgson A. Mc., Ewan A., Humphries R. et al. Multisite evaluation of Cepheid Xpert Carba-R assay for detection of carbapenemase-producing organisms in rectal swabs. J Clin Microbiol. 2016. Vol. 54. P. 1814–1819. DOI: 10.1128/JCM.00341–16.

15. Hoyos-Mallecot Y., Ouzani S., Dortet L., Fortineau N., Naas T. Performance of the Xpert® Carba-R v2 in the daily workflow of a hygiene unit in a country with a low prevalence of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. Int J Antimicrob Agents. 2017. Vol. 49. No. 6. P. 774–777. DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2017.01.025.

16. Smith M., Diederen B., Scharringa J., Leversteijn-van Hall M., Fluit A. C., Cohen Stuart J. Rapid and accurate detection of carbapenemase genes in Enterobacteriaceae with the Cepheid Xpert Carba-R assay. J Med Microbiol. 2016. Vol. 65. N 9. P. 951–953. DOI: 10.1099/jmm.0.000310.

17. Ko Y. J., Kim J., Kim H. N., Yoon S. Y., Lim C. S., Lee C. K. Diagnostic performance of the Xpert Carba-R assay for active surveillance of rectal carbapenemase-producing organisms in intensive care unit patients. Antimicrob Resist Infect Control. 2019. Vol. 8. Р. 127. DOI: 10.1186/s13756–019–0579–2

18. Tzouvelekis L. S., Markogiannakis A., Psichogiou M., Tassios P. T., Daikos G. L. Carbapenemases in Klebsiella pneumoniae and other Enterobacteriaceae: an evolving crisis of global dimensions. Clin Microbiol Rev. 2012. Vol. 25. Р. 682–707. DOI: 10.1128/CMR.05035–11.

19. Albiger B., Glasner C., Struelens M. J., Grundmann H., Monnet D. L. European Survey of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE) Working Group Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Europe: assessment by national experts from 38 countries, May 2015. Euro Surveill. 2015. Vol. 20. N 45. P. 30062. DOI: 20. 10.2807/1560–7917.ES.2015.20.45.30062.