medalphabetМедицинский алфавитMedical alphabet2078-56312949-2807ООО «Альфмед»10.33667/2078-5631-2025-16-46-53medalphabet-4487Research ArticleСтатьиИзменение генетического разнообразия ВИЧ‑1 среди мужчин, практикующих секс с мужчинами, проживающих в России в период 2004–2025 гг.Changes in HIV‑1 genetic diversity among men who have sex with men living in Russia in the period 2004–2025https://orcid.org/0000-0002-6328-1415ЛаповокИ.  А.LapovokI. A.

Лаповок Илья Андреевич, к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Москва

Lapovok Ilya A., PhD Bio Sci, senior researcher at Laboratory of Diagnostics and Molecular Epidemiology of HIV Infection

Moscow

i_lapovok@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7116-0138КириченкоА.  А.KirichenkoA. A.

Кириченко Алина Алексеевна, к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Москва

Kirichenko Alina A., PhD Med, senior researcher at Laboratory of Diagnostics and Molecular Epidemiology of HIV Infection

Moscow

kirichenko@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-1390-8021ШлыковаА. В.ShlykovaA. V.

Шлыкова Анастасия Вениаминовна, научный сотрудник лаборатории диагностики и молекулярной эпидемиологии

Москва

Shlykova Anastasia V., researcher at Laboratory of Diagnostics and Molecular Epidemiology

Moscow

murzakova_a.v@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7896-2379КиреевД. Е.KireevD. E.

Киреев Дмитрий Евгеньевич, к.б.н., зав. лабораторией диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Москва

Kireev Dmitry E., PhD Bio Sci, head of the Laboratory of Diagnostics and Molecular Epidemiology of HIV Infection

Moscow

dmitkireev@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9484-5917ПоповаА. А.PopovaA. A.

Попова Анна Анатольевна, к.м.н., старший научный сотрудник специализированного научно-исследовательского отдела по профилактике и борьбе со СПИДом; доцент кафедры инфекционных болезней

Москва

Popova Anna A., PhD Med, senior researcher at Specialized Research Department for AIDS Prevention and Control; associate professor at Dept of Infectious Diseases

Moscow

asya-med@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2677-0404ПокровскаяА. В.Pokrovskaya,A. V.

Покровская Анастасия Вадимовна, д.м.н., старший научный сотрудник; профессор кафедры инфекционных болезней с курсами эпидемиологии и фтизиатрии Медицинского института

Москва

Pokrovskaya Anastasia V., DM Sci (habil.), senior researcher; professor at Dept of Infectious Diseases with Courses in Epidemiology and Phthisiology of Medical Institute

Moscow

pokrovskaya@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0004-3242-6142АмировР. С.AmirovR.  S.

Амиров Рамиз Сафа оглы, врач клинической лабораторной диагностики клинико-диагностической лаборатории

Москва

Amirov Ramiz Safa, physician of clinical laboratory diagnostics at the Clinical Diagnostic Laboratory

Moscow

Amirov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0001-8139-0247АкимкинВ. Г.AkimkinV.  G.

Акимкин Василий Геннадьевич, академик РАН, д.м.н., профессор, директор

Москва

Akimkin Vasily G., RAS academician, DM Sci (habil.), professor, director

Moscow

arimkin@cmd.suФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» РоспотребнадзораРоссияCentral Research Institute of EpidemiologyRussian FederationФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора; ФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Минздрава РоссииРоссияCentral Research Institute of Epidemiology; Russian Medical Academy of Continuous Professional EducationRussian FederationФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора; ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов имени Патриса Лумумбы», МоскваРоссияCentral Research Institute of Epidemiology; Peoples' Friendship University of Russia named after Patrice LumumbaRussian Federation202529072025016Эпидемиология, гигиена, инфекционные болезни (1)4653Copyright © Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Киреев Д.Е., Попова А.А., Покровская А.В., Амиров Р.С., Акимкин В.Г., 20252025Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Киреев Д.Е., Попова А.А., Покровская А.В., Амиров Р.С., Акимкин В.Г.Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., Kireev D.E., Popova A.A., Pokrovskaya, A.V., Amirov R.S., Akimkin V.G.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.med-alphabet.com/jour/article/view/4487Введение

Введение. Исторически мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ), являются стигматизированным сообществом в России, что негативно сказывается на профилактике ВИЧ-инфекции в этой уязвимой группе и осложняет исследование генетических вариантов ВИЧ‑1.

Целью нашего исследования была характеристика вариантов ВИЧ‑1, в образцах, полученных в 2004–2025 гг. от МСМ, проживающих в России.

Материалы и методы

Материалы и методы. Были проанализированы нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol ВИЧ‑1 (2253–3369 н.п.) из баз данных RuHIV и GenBank от 562 ВИЧ-инфицированных МСМ, проживающих в РФ. Было проведено генотипирование, филогенетический и кластерный анализ и расчет p-дистанции среди наиболее часто встречаемых генетических вариантов ВИЧ‑1.

Результаты

Результаты. К суб-субтипу A6 относились 44,84% образцов, к субтипу B – 35,94% образцов, причем доля ВИЧ‑1 суб-субтипа A6 статистически достоверно росла в период 2004–2025 гг. Был выявлен рост p-дистанции среди вирусов суб-субтипа A6 (с 0,044 до 0,054) и субтипа B (с 0,05 до 0,072) в 2004–2025 гг. Получены доказательства как размытия границ уязвимой группы МСМ, так и продолжающейся циркуляции субтипа B среди МСМ в России. Показано влияние миграции на увеличение числа случаев инфицирования редкими и рекомбинантными формами ВИЧ‑1 среди МСМ в России в последние годы.

Заключение

Заключение. Показана важность исследования уязвимой группы МСМ для эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией в России. Выявлен вклад миграции в генетическое разнообразие вариантов ВИЧ‑1, циркулирующих в стране.

Introduction

Introduction. Historically, men who have sex with men (MSM) are a stigmatized community in Russia, and this fact has negatively affects HIV prevention in this vulnerable group and complicates the study of HIV‑1 genetic variants.

The aim of our study was to characterize HIV‑1 variants in samples obtained in 2004–2025 from MSM living in Russia.

Materials and methods

Materials and methods. Nucleotide sequences of the HIV‑1 pol gene fragment (2253–3369 bp) from the RuHIV and GenBank databases from 562 HIV-infected MSM living in the Russian Federation were analyzed. Genotyping, phylogenetic and cluster analysis were performed and p-distance calculation among the most common HIV‑1 genetic variants was carried out.

Results

Results. Sub-subtype A6 comprised 44.84% of samples, subtype B – 35.94% of samples, and the proportion of HIV‑1 sub-subtype A6 statistically significantly increased in the period 2004–2025. An increase of the p-distance was found among sub-subtype A6 (from 0.044 to 0.054) and subtype B (from 0.05 to 0.072) viruses in 2004–2025. We obtained the evidence of both the blurring of the boundaries of the vulnerable MSM group and the ongoing circulation of subtype B among MSM in Russia. The influence of migration on the increase in the number of cases of rare and recombinant forms of HIV‑1 infections among MSM in Russia in recent years was shown.

Conclusion

Conclusion. The importance of studying the vulnerable MSM group for epidemiological surveillance of HIV infection in Russia is shown. The contribution of migration to the genetic diversity of HIV‑1 variants circulating in the country was revealed.

ВИЧ 1МСМгенетический вариантсуб-субтип A6рекомбинантp-дистанциямолекулярный кластерHIV 1MSMgenetic variantsub-subtype A6recombinantp-distancemolecular clusterReferencesFoley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 150–8. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2016.10.018.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 150–8. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2016.10.018.Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д. Е. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ 1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. Тер. архив 2017; 89 (11): 44–9. https://doi.org/10.17116/terarkh2017891144–49.Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., et al. Molecular epidemiological analysis of HIV 1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Ter. archive 2017; 89 (11): 44–9. (In Russ.). https://doi.org/10.17116/terarkh2017891144–49Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ 1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2022; 12 (3): 31–40. (In Russ.). https://doi.org/10.18565/epidem.2022.12.3.31–40.Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A. V., et al. Molecular epidemiological analysis of HIV 1 genetic variants circulating in Eastern Europe and Central Asia in 2010–2019. Epidemiol. infectious diseases. Actual. issues. 2022; 12 (3): 31–40. https://doi.org/10.18565/epidem.2022.12.3.31–40Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV 1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(6): 592–7. https://doi.org/10.1089/AID.2013.019.Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV 1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(6): 592–7. https://doi.org/10.1089/AID.2013.019.Kostaki E.-G., Karamitros T., Bobkova M., et al. Spatiotemporal Characteristics of the HIV 1 CRF02_AG/CRF63_02A1 Epidemic in Russia and Central Asia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2018; 34(5): 415–20. https://doi.org/10.1089/AID.2017.0233.Kostaki E.-G., Karamitros T., Bobkova M., et al. Spatiotemporal Characteristics of the HIV 1 CRF02_AG/CRF63_02A1 Epidemic in Russia and Central Asia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2018; 34(5): 415–20. https://doi.org/10.1089/AID.2017.0233.Bobkova M. Current status of HIV 1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013;15(4):204–12. PMID: 24192601.Bobkova M. Current status of HIV 1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013;15(4):204–12. PMID: 24192601.Kazennova E., Laga V., Gromov K., et al. Genetic Variants of HIV Type 1 in Men Who Have Sex with Men in Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2017;33(10):1061–4. https://doi.org/10.1089/AID.2017.0078.Kazennova E., Laga V., Gromov K., et al. Genetic Variants of HIV Type 1 in Men Who Have Sex with Men in Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2017;33(10):1061–4. https://doi.org/10.1089/AID.2017.0078.Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В. и др. Анализ генетических вариантов ВИЧ 1 среди мужчин-мигрантов гомосексуальной ориентации, проживающих в Москве. Журнал инфектологии. 2023; 15 (2 S2): 71–2. EDN: https://elibrary.ru/qtszlb.Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., et al. Analysis of HIV 1 genetic variants among homosexual male migrants living in Moscow. Journal of Infectology. 2023; 15 (2 S2): 71–2. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/qtszlb.Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., et al. Molecular epidemiology of HIV 1 subtype G in the Russian Federation. Viruses. 2019; 11 (4): 348. https://doi.org/10.3390/v11040348.Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., et al. Molecular epidemiology of HIV 1 subtype G in the Russian Federation. Viruses. 2019; 11 (4): 348. https://doi.org/10.3390/v11040348.Tamura K., Stecher G., Peterson D., et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30 (12): 2725–9. https://doi.org/10.1093/molbev/mst197.Tamura K., Stecher G., Peterson D., et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30 (12): 2725–9. https://doi.org/10.1093/molbev/mst197.Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Васильев А.В. и др. Проблемы субтипирования ВИЧ 1 наоснове анализа гена pol и способы их разрешения. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2010; 2(3): 42–48. УДК: 577.156+616.9.Kazennova E.V., Lapovok I.A., Vasiliev A.V., et al. Problems of HIV 1 subtyping based on pol gene analysis and methods for their resolution. HIV infection and immunosuppression. 2010; 2 (3): 42–48. (In Russ.). UDC: 577.156+616.9.Shaw G.M., Hunter E. HIV transmission. Review. Cold Spring Harb Perspect Med. 2012; 2 (11): a006965. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a006965.Shaw G.M., Hunter E. HIV transmission. Review. Cold Spring Harb Perspect Med. 2012; 2 (11): a006965. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a006965.Лукьяненко Н.В., Киреев Д.Е., Лаповок И.А. и др. Анализ заболеваемости ВИЧ-инфекцией в Алтайском крае в 2022 г. // Якутский медицинский журнал. 2024; 4 (88): 80–84. https://doi. org/10.25789/YMJ.2024.88.19.Lukyanenko N.V., Kireev D. E., Lapovok I.A. and others. Analysis of the incidence of HIV infection in the Altai Territory in 2022 // Yakut Medical Journal. 2024; 4 (88): 80–84. (In Russ.). https://doi.org/10.25789/YMJ.2024.88.19.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.