<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">medalphabet</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Медицинский алфавит</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Medical alphabet</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2078-5631</issn><issn pub-type="epub">2949-2807</issn><publisher><publisher-name>ООО «Альфмед»</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.33667/2078-5631-2019-3-22(397)-11-14</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">medalphabet-1202</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>Статьи</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Разработка метода обнаружения однонуклеотидной замены в некодирующем локусе ДНК rs17185536: потенциальное диагностическое значение</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Design of method for detecting single nucleotide polymorphisms of DNA non-coding region rs17185536: potential diagnostic value</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Горбенко</surname><given-names>А. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Gorbenko</surname><given-names>A. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>биолог</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Столяр</surname><given-names>М. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Stolyar</surname><given-names>M. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>биолог; лаборант</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Комаровский</surname><given-names>Ю. Ю.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Komarovsky</surname><given-names>Yu. Yu.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>биолог</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Михалев</surname><given-names>М. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Mikhalev</surname><given-names>M. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>врач-гематолог; н. с.</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Потылицина</surname><given-names>В. В. </given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Potylitsyna</surname><given-names>V. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>к. м. н., врач клинической лабораторной диагностики</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-4"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Васильев</surname><given-names>Е. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Vasilyev</surname><given-names>E. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>врач-гематолог</p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-5"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Ольховский</surname><given-names>И. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Olkhovsky</surname><given-names>I. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>с. н. с.; директор </p><p>г. Красноярск</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnoyarsk</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-6"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>Красноярский филиал ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Krasnoyarsk branch of the National Medical Research Center for Hematology</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Красноярский филиал ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России; ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр „Красноярский научный центр“» Сибирского отделения РАН</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Krasnoyarsk branch of the National Medical Research Center for Hematology; Federal Research Centre ‘Krasnoyarsk Scientific Centre’</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-3"><aff xml:lang="ru"><institution>Красноярский филиал ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России; КГБУЗ «Красноярская межрайонная клиническая больница № 7»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Krasnoyarsk branch of the National Medical Research Center for Hematology; Krasnoyarsk Interdistrict Clinical Hospital No. 7</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-4"><aff xml:lang="ru"><institution>КГБУЗ «Красноярский краевой клинический центр охраны материнства и детства»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Krasnoyarsk Regional Clinical Center for Maternal and Child Health</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-5"><aff xml:lang="ru"><institution>КГБУЗ «Краевая клиническая больница»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Regional Clinical Hospital</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-6"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр „Красноярский научный центр“» Сибирского отделения РАН; Красноярский филиал ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Federal Research Centre ‘Krasnoyarsk Scientific Centre’; Krasnoyarsk branch of the National Medical Research Center for Hematology</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2019</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>22</day><month>11</month><year>2019</year></pub-date><volume>3</volume><issue>22</issue><issue-title>Современная лаборатория</issue-title><fpage>11</fpage><lpage>14</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Горбенко А.С., Столяр М.А., Комаровский Ю.Ю., Михалев М.А., Потылицина В.В., Васильев Е.В., Ольховский И.А., 2019</copyright-statement><copyright-year>2019</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Горбенко А.С., Столяр М.А., Комаровский Ю.Ю., Михалев М.А., Потылицина В.В., Васильев Е.В., Ольховский И.А.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Gorbenko A.S., Stolyar M.A., Komarovsky Y.Y., Mikhalev M.A., Potylitsyna V.V., Vasilyev E.V., Olkhovsky I.A.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.med-alphabet.com/jour/article/view/1202">https://www.med-alphabet.com/jour/article/view/1202</self-uri><abstract><p>Проведенное в 2018 году широкомасштабное исследование баз данных секвенирования ДНК (Jorgenson E., et al.) для поиска наследственной предрасположенности к ранней эректильной дисфункции выявило ассоциацию с однонуклеотидной заменой rs17185536-T, регулирующим экспрессию топографически близких генов, среди которых находится ген SIM1, играющий важную роль в поддержании массы тела и сексуальной функции. Близость локуса rs17185536 к генам CCNC (циклин С), PRDM13 (метилтрасфераза гистонов) и USP45 (убиквитин-специфическая пептидазы 45) предполагает возможное участие данного полиморфизма в патогенезе и других заболеваний, связанных с нарушениями функции продуктов данных генов.</p><p>Цель работы заключалась в разработке методики определения локуса ДНК rs17185536 и проверке предположения о его связи с риском развития патологии беременности и плода, а также с прогнозом развития хронических миелопролиферативных заболеваний.</p><sec><title>Материалы и методы</title><p>Материалы и методы. В исследование были включены 280 человек, 81 из которых здоровые доноры, 116 беременных женщин, 25 пациентов с истинной полицитемией, 29 с эссенциальной тромбоцитемией и 29 с первичным миелофиброзом.</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>Результаты. С использованием оригинальной методики определения rs17185536 аллель-специфической ПЦРРВ показано, что распространенность аллеля Т среди всех обследованных групп составила 16 %, и варианты генотипов составили: C/C —  73 %, C/T —  23 % и T/T —  4 %, что соответствует данным Jorgenson et al. Отсутствие статистически значимых различий частоты встречаемости данного полиморфизма хронических миелопролиферативных заболеваний свидетельствует о низкой вероятности вовлечения rs17185536-T в патогенезе данных заболеваний. В группе беременных женщин показана ассоциация аллеля rs17185536-T с ожирением, миомой матки и развитием преэклампсии.</p></sec><sec><title>Выводы</title><p>Выводы. Впервые с использованием оригинальной методики анализа проведена оценка распространенности гена наследственной предрасположенности к импотенции. Несмотря на топографическую близость локуса rs17185536 к генам регуляции репарации и функционирования ДНК, его полиморфизмы не оказывают влияния на риск развития хронических миелопролиферативных заболеваний. Обнаруженная ассоциация аллеля rs17185536-T с риском развития патологии беременности требует дополнительного изучения.</p></sec></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>A large-scale study of DNA sequencing databases (Jorgenson E., et al., 2018) to search for hereditary susceptibility to early erectile dysfunction revealed an association with the rs17185536-T polymorphism regulating the expression of topologically associating domain, among which is the SIM1 gene, which plays an important role in maintaining mass body and sexual function. The proximity of the rs17185536 locus to the CCNC (cyclin C), PRDM13 (histone methyltransferase) and USP45 (ubiquitin-specific peptidase 45) genes suggests the possible involvement of this polymorphism in the pathogenesis and other diseases associated with impairments of these genes.</p><sec><title>Materials and methods</title><p>Materials and methods. The study included a total of 280 people: 81 of which were healthy donors, 116 pregnant women, 25 patients with polycythemia vera, 29 with essential thrombocythemia, and 29 with primary myelofibrosis.</p></sec><sec><title>Results</title><p>Results. Using the original method of determining the polymorphism rs17185536, the allele of specific PCR-RT showed that the prevalence of the T allele among all examined patients was 19 %, and variants of the genotypes: C/C with 73 %, C/T with 23 % and T/T with 4 %, which corresponds to Winkler e. a. data. The absence of statistically significant differences in the frequency of occurrence of this polymorphism in the pathology of pregnancy and in chronic myeloproliferative diseases indicates a low probability of involvement of rs17185536-T in the pathogenesis of these diseases. In the group of pregnant women, there is an association of the rs17185536-T allele with obesity, uterine fibroids and the development of preeclampsia.</p></sec><sec><title>Conclusions</title><p>Conclusions. For the first time, using the original method of analysis, it was confirmed that the Russian population has a comparable prevalence of the gene of hereditary susceptibility to impotence. Despite the topographic proximity of the rs17185536 locus to the genes regulating the repair and functioning of DNA, its polymorphisms do not affect the risk of chronic myeloproliferative diseases developing. The association of the rs17185536-T allele with the risk of developing a pregnancy pathology requires further study.</p></sec></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>однонуклеотидный полиморфизм ДНК</kwd><kwd>rs17185536</kwd><kwd>LOC 728012</kwd><kwd>хронические Ph-негативные миелопролиферативные новообразования</kwd><kwd>патология беременности</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>single nucleotide DNA polymorphism</kwd><kwd>rs17185536</kwd><kwd>LOC 728012</kwd><kwd>chronic Ph-negative myeloproliferative neoplasms</kwd><kwd>pregnancy pathology</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">ООО «Формула гена» (www.formulagena.ru). В работе было использовано оборудование: ФИЦ КНС СО РАН Сибирского федерального университета.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Winkler TW, Justice AE, Graff M, et al. The Influence of Age and Sex on Genetic Associations with Adult Body Size and Shape: A Large-Scale Genome-Wide Interaction Study. // PLoS Genet. — 2015. — Vol. 11, N 10. — e1005378. DOI: 10.1371/journal.pgen.1005378.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Winkler TW, Justice AE, Graff M, et al. The Influence of Age and Sex on Genetic Associations with Adult Body Size and Shape: A Large-Scale Genome-Wide Interaction Study. // PLoS Genet. — 2015. — Vol. 11, N 10. — e1005378. DOI: 10.1371/journal.pgen.1005378.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Teumer A, Chaker L, Groeneweg S. et al. Genome-wide analyses identify a role for SLC 17A4 and AADAT in thyroid hormone regulation. // Nat Commun. — 2018. — Vol. 9, N 1. — P. 4455.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Teumer A, Chaker L, Groeneweg S. et al. Genome-wide analyses identify a role for SLC 17A4 and AADAT in thyroid hormone regulation. // Nat Commun. — 2018. — Vol. 9, N 1. — P. 4455.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Bhasin, Manoj K., John W. et al. Specific Transcriptome Changes Associated With Blood Pressure Reduction In Hypertensive Patients After Relaxation Response Training. // The Journal Of Alternative And Complementary Medicine. — Vol. 24, N 5. P. 486–504.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bhasin, Manoj K., John W. et al. Specific Transcriptome Changes Associated With Blood Pressure Reduction In Hypertensive Patients After Relaxation Response Training. // The Journal Of Alternative And Complementary Medicine. — Vol. 24, N 5. P. 486–504.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ceppi M, Clavarino G, Gatti E et al. Ribosomal protein mRNAs are translationally-regulated during human dendritic cells activation by LPS. // Immunome Res. — 2009. Vol. 5, N 1. — P. 5.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ceppi M, Clavarino G, Gatti E et al. Ribosomal protein mRNAs are translationally-regulated during human dendritic cells activation by LPS. // Immunome Res. — 2009. Vol. 5, N 1. — P. 5.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Jorgenson E, Matharu N, Palmer MR, et al. Genetic variation in the SIM1 locus is associated with erectile dysfunction. // Proc Natl Acad Sci USA. — 2018. — Vol. 115, N 43. — P. 11018–11023.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Jorgenson E, Matharu N, Palmer MR, et al. Genetic variation in the SIM1 locus is associated with erectile dysfunction. // Proc Natl Acad Sci USA. — 2018. — Vol. 115, N 43. — P. 11018–11023.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">El Khattabi L, Guimiot F, Pipiras E, et al. Incomplete penetrance and phenotypic variability of 6q16 deletions including SIM1. // Eur J Hum Genet. — 2014. — Vol. 23, N 8. — P. 1010–8.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">El Khattabi L, Guimiot F, Pipiras E, et al. Incomplete penetrance and phenotypic variability of 6q16 deletions including SIM1. // Eur J Hum Genet. — 2014. — Vol. 23, N 8. — P. 1010–8.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Chromosome 6. Atlasgeneticsoncology.org.atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q16.html. Published 2019. Последнее обращение 13.02.2019.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Chromosome 6. Atlasgeneticsoncology.org.atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q16.html. Published 2019. Последнее обращение 13.02.2019.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">WASP. Bioinfo.biotec.or.th. bioinfo.biotec.or.th/WASP/. Published 2019. Последнее обращение 13.02.2019.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">WASP. Bioinfo.biotec.or.th. bioinfo.biotec.or.th/WASP/. Published 2019. Последнее обращение 13.02.2019.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
